De eerste grote systeemupdate voor de 3DS komt op 7 juni, op de dag van de E3. De systeemupdate zal toegang geven tot de e-shop, waarbij je online games en content kan downloaden. Ondanks eerdere geruchten zal ook de internet-browser inbegrepen zijn in de systeemupdate. Er is nog niet officeel bekend welke games of features er beschikbaar zullen zijn bij de release.